現在配布中の全てのバイナリは、VC++ 6.0 SP6(Version 12.00.8804 for 80x86)またはVC++ 8.0 SP1(14.00.50727.762 for x64)でmakeしたものです。ruby自体に関しては、標準配布のソース(またはSubversionリポジトリから取得したソース)からそのまま作成しています。拡張ライブラリについては各々のリンク先を参照してください。
いずれのバイナリもzip形式でアーカイブされています。
md5sumのチェック方法ですが、例えばrubyがインストールされているなら下記のような方法があります。
ruby -r digest/md5 -e "puts Digest::MD5.hexdigest(File.open('filename', 'rb'){|f|f.read})"